方法简介：
染色体外环状DNA（ecDNA）是癌症中活化原癌基因扩增的主要方式。区别于常染色体，这类生物大分子主要以环状的形式存在于细胞核当中，长度分布在10的3次方到6次方数量级，无中心粒。ecDNA序列中包含一个或者多个基因与调控元件，结构开放，转录活性强，相比于在棒状染色体结构基因，ecDNA的生物功能活性更强。癌症中，成环的基因区域拷贝数往往增高，而超过一半的高拷贝数事件是ecDNA驱动生成。ecDNA出现在14%的原发性癌症和超过40%的转移性癌症中，而在正常组织中很少见到。ecDNA可以驱动部分基因发生扩增形成高拷贝数，在遗传过程中不遵循孟德尔定律，可以实现在子代细胞的快速积累和随机分配，驱动肿瘤快速进化，在药物治疗的环境中逐步增强原癌基因表达的依赖性。肿瘤细胞中一旦发生这种基因扩增，免疫治疗或者靶向治疗往往是无效的。
可以把ecDNA比做一个工厂，这个工厂的成立形式多样且功能独立，有趣的是由该工厂加工得到的产品（ecDNA）可重新整合至原染色体当中，从而增强肿瘤基因异质性；同时，一座座工厂协同合作，当地处邻近区域时（空间位置），以其中某个工厂作为“hub”有序的推进癌细胞中原癌基因的表达，帮助癌细胞进化，耐药，所以如何摧毁这些工厂是生物学家接下来需要思考的重要问题。纽科生物提供优质的Circl-seq环状DNA测序，实验经过特异性的环状DNA纯化、线性DNA的酶解以及滚换复制等过程，有针对性的扩增并放大感兴趣的环状DNA测序信号，通过split reads等信息对环状DNA进行鉴定，该技术可以帮助客户快速检测疾病样本中的环状DNA的丰度，定性定量的分析环状DNA拷贝数，连同基因组的注释信息，综合分析并讨论存在的ecDNA以及潜在的生物学作用。
产品优势：
1）一站式服务：提供从样品处理、建库、测序和分析等的全套服务
2）项目经验丰富：优化的实验流程和高信噪比的试剂选择；
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服务流程：
结果展示：
经典案例：
案例推荐1：多个ecDNA协同合作增强原癌基因表达
原文：ecDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression
期刊：Nature
案例解析：ecDNA形式的原癌基因扩增与耐药有关，生物学的具体是如何体现的？2021年发表的Nature文章建立了ecDNA扩增与原癌基因表达之间的关系，文章报道的10-100个ecDNA以cluster的形式实现增强子-基因相互作用的方式来驱动原癌基因的表达。在之前的研究中已经发现了ecDNA可以增强原癌基因的表达，但似乎之前的理解中，研究者远远的低估了ecDNA对原癌基因表达驱动的能力和方式的多样性。当ecDNA在空间上同其他ecDNA聚集捆绑的时候，这种捆绑以某个ecDNA为核心（hub），其他ecDNA辅助，使转录原癌基因的可能性大大增加，例如，在结直肠癌细胞系中，BRD4捆绑的ecDNA促进MYC的表达，而JQ1可以驱散（disperse）这群ecDNA从而达到抑制ecDNA原癌基因转录的活性，BRD4结合的PVT1启动子与MYC融合以ecDNA的形式扩增，在其他ecDNA携带的enhancer的辅助帮助下强有力的促进了MYC的表达，CRISPR技术对ecDNA enhancer的干扰可以有效的阻止这种ecDNA特有的enhancer-gene的转录活化模式，这种合作性质的肿瘤进化机制（cooperative evolution）或许可以为癌症治疗提供新的思路和方向。
ecDNA聚集程度影响原癌基因表达
案例推荐2：人体健康组织这种circDNA的检测
原文：Circular DNA elements of chromosomal origin are common in healthy human somatic tissue
期刊：Nature Communications
案例解析：之前的大部分研究认为环状DNA是癌细胞的专属产物，在正常组织中并不存在，不过在这篇研究中，在人体的正常细胞和组织当中同样检测到了~100000个环状DNA，这些环状DNA携带基因或者基因片段，大部分的长度在25kb以下。此外通过与RNA-seq的联合分析还发现，这些eccDNA有可能促进来源基因的转录表达，因此得出结论，在人的健康细胞组织当中，同样存在大量环状DNA，通过对这些环状DNA的长度、丰度、来源、作用等综合分析，可以建立综合的样本来源环状DNA谱图。
人健康组织中环状DNA的长度分布和来源分布
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