方法简介:
RNA上发现的化学修饰种类多大100多种,其中m6A(N6-methyladenosine)是mRNA和非编码RNA上最常见的一种转录后修饰。围绕m6A mRNA生物学功能研究表明,m6A在调控生命病理生理过程中扮演重要作用,尤其对于肿瘤的发生发展、器官的时空发育、组织的损伤修复、机体免疫等多方面都扮演重要角色;分子机制方面,m6A修饰可以影响RNA分子的代谢、转运、翻译、剪切加工成熟等过程。mRNA作为基因信息传递调控的核心分子,受到m6A修饰的mRNA分子在翻译的时间、空间、降解速率等方面发生显著改变。mRNA m6A和去m6A过程动态可逆,受到了包括Writer 、Eraser、Reader的共同调控。目前,针对m6A位点设计的,基于免疫沉淀富集修饰片段的高通量测序方法是研究mRNA m6A修饰的经典方法,经过RNA抽提、片段化、IP富集、测序等步骤,有效的对发生m6A修饰的mRNA片段进行富集测序,通过生物信息学数据分析方法对发生m6A修饰的mRNA位点进行检测并进行差异计算、功能富集分析以及靶基因的筛选。纽科生物提供MeRIP-seq (m6A-RIP-seq) 高通量测序服务,通过优化的实验流程和分析方法,结合现有的注释信息,帮助客户快速的筛选感兴趣的m6A位点,为下游实验奠定基础。
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服务流程:
结果展示:
经典案例:
案例推荐1:m6A影响mRNA稳定性
原文:N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.
期刊:Nature
案例解析:m6A是高等真核生物mRNA最常见的化学修饰,此项研究表明mRNA m6A主要被YTHDF2 Reader蛋白选择性结合调控mRNA降解。研究中找到了YTHDF2可以结合的超过3000个RNA靶点,绝大多数是mRNA,同时也包括非编码RNA,结合区域的序列Motif是G(m6A)C。
YTHDF2选择性的结合m6A 修饰的RNA
案例推荐2:拟南芥m6A修饰特征
原文:Unique features of the m6A methylome in Arabidopsis thaliana
期刊:Nature Communications
案例解析:虽然大量有关m6A的研究是围绕真核生物中mRNA进行的,但是通过对拟南芥的研究表明,m6A在植物当中也是高度保守的化学修饰类型。当然相比于哺乳动物,拟南芥中的m6A修饰不仅在终止密码子富集,其中在3’非翻译区、起始密码子附近均有较高的修饰水平,功能富集分析结果说明,这些m6A修饰的基因主要同叶绿体的信号通路相关,此外m6A修饰水平同mRNA表达呈正相关趋势,暗示在拟南芥中m6A对基因转录水平起到调控作用。
m6A在起始密码子、终止密码子均有富集
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