方法简介:
在研究不同疾病状态、生物过程中基因转录水平时,mRNA转录组测序(mRNA-Seq)已经成为了研究者的首选方法。mRNA-seq可以灵敏、快速、高效的检测转录组绝大多数分子的表达丰度,配合下游实验的定性与定量分析,可以实现对已知和未知转录本、基因融合等转录水平上的相关事件进行快速的捕捉与检测。在已有的研究中,mRNA-seq已经被广泛的应用于检测不同表型下基因表达水平的常规方法,帮助广大研究者全面了解在特定生物条件下样本的基因表达情况。在大部份物种的mRNA-seq分析当中,使用已有的注释信息对测序数据进行定性和定量分析已经能满足大多数对于基因表达量的检测需求。相比于传统的定量PCR(qPCR)检测方式,mRNA-seq能够提供高通量的、更加灵敏的基因表达倍数变化检测,此外,mRNA还可以提供链方向信息,对反义链上的测序信息进行检测,对overlapping转录本进行定量。纽科生物mRNA-seq通过捕获mRNA polyA并进行建库,通过优质的文库建立和严格的质控环节获得高质量的测序数据,经过reads回帖等步骤最终获得基因的表达信息,帮助客户筛选差异表达基因,并锁定下游研究靶点。
产品优势:
1)一站式服务:提供从样品处理、mRNA建库、测序和分析全套服务
2)项目经验丰富:已完成几十个物种、多种样品类型的mRNA-seq测序和分析
3)项目周期短,性价比高
4)提供发表级图表,并可以在公司云平台调整
5)专业生物信息学分析团队,满足个性化分析需求
服务流程:
结果展示:
经典案例:
案例推荐1:mRNA ac4c修饰增强mRNA翻译效率
原文:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency.
期刊:Cell
案例解析:由NAT10催化进行的RNA ac4c化学修饰是表观转录组学的重要组成部分,通过高通量的acRIP-seq测序方法分析检测ac4c位点并进行基因区域注释,发现ac4c修饰主要富集于mRNA的编码区,通过NAT10的人工干预能够明显降低ac4c位点的修饰水平,同时,使用RNA-seq数据发现被ac4c修饰基因发生下调。此外,ac4c修饰的mRNA分子半衰期和NAT10有明显相关性,且体内实验和体外实验都证明NAT10可以增强底物的翻译效率。该研究的结果表明,相比较于m6A,ac4c富集于CDS的5’端,能一定程度上增强被修饰mRNA的稳定性,而m6A主要富集于终止密码子附近,分布偏向于3’端且使底物稳定性下降。
NAT10敲除导致ac4c修饰的mRNA差异表达和半衰期变化
案例推荐2:哺乳动物中对ac4c对翻译起始的直接调控
MeRIP m6A LncRNA测序,circRNA测序,转录组测序,单细胞ATAC测序,单核ATAC测序
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