方法简介:
转录因子是一类调控基因转录过程的关键DNA结合蛋白,这类蛋白通常含有DNA结合功能域和其他协同蛋白的结合位点。通常情况下,转录因子可以结合到一些基因启动子区附近的一些短的片段区域,最终,一些转录因子对基因的转录效果可以描述为分子开关,它们的结合与否直接决定了该基因是否转录表达,在真核细胞当中,可以实现这些蛋白的改造来活化或者抑制基因的表达。活化蛋白(Activator)一般可以结合部份DNA片段来帮助活化mRNA转录过程,这些片段被称为增强子(enhancer)。活化蛋白同增强子结合后可以带来DNA的构象改变,甚至招募RNA聚合酶(RNA polymerase)起始转录。另一方面,抑制蛋白(repressor)通过招募组蛋白去乙酰化酶(histone dacetylase)来抑制转录起始。ChIP-seq测序(Chromatin Immunoprecipitation)是一种在全基因组范围内检测蛋白结合位置、组蛋白修饰发生位置的高通量技术,ChIP-seq能高分辨,低噪声,广覆盖的检测蛋白的结合位点,相比于传统的ChIP-chip技术,ChIP-seq对DNA的样品起始量要求为纳克级别,在经过蛋白DNA交联、片段化之后,通过特异性抗体对片段的富集,针对性的检测这些被抗体富集到的片段,从而通过生物信息学的分析,有效的找到蛋白或者组蛋白修饰的位点。纽科生物提供优质的一站式ChIP-seq测序服务,结合多年积累经验、优化的实验流程、使用超高信噪比的试剂,快速准确的捕获相关DNA片段信号,帮助客户找到感兴趣的分子或者修饰所在的靶基因区域,更好的进行下游分子实验。
产品优势:
1)一站式服务:提供从样品处理、建库、测序和分析等的全套服务
2)项目经验丰富:多种转录因子的实验经验、优化的实验流程、高信噪比的试剂选择
3)周期短,性价比高
4)提供发表级图表,可以在公司云平台调整
5)专业生物信息学分析团队,满足个性化分析需求
服务流程:
结果展示:
经典案例:
案例推荐1:TET2 通过对增强子的去甲基化实现基因表达活化
原文:TET2 coactivates gene expression through demethylation of enhancers
期刊:Science
案例解析:TET2(tet methylcytosine dioxygenase 2) 可以催化DNA上的5mC甲基化类型到5hmC类型的转变,但是TET2在多种人类癌症细胞中会发生异常表达或者突变,这种异常会影响DNA甲基化的状态改变。通过ChIP-seq技术可以检测并分析TET-2介导的基因表达调控模式,通过ChIP-seq数据分析发现,内源性的TET2可以占有活化的增强子进一步招募雌激素受体alpha,对TET2的敲除可以让DNA的大部分位置甲基化水平增高,减弱雌激素应答。
通过ChIP-seq数据分析发现TET2招募ERalpha
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